Truyện bắt đầu bằng những nỗ lực của giáo sư môn "Biểu tượng Tôn giáo" (Religious Symbology) Robert Langdon tại Đại học Harvard cùng Sophie Neuveu - cháu gái của Jacques Saunière nhằm làm sáng tỏ cái chết bí mật của người quản lý nổi tiếng Jacques Saunière của Bảo tàng Louvre tại Paris. Thi thể của Saunière được tìm thấy sâu trong Bảo tàng Louvre trong tư thế tương tự như bức tranh nổi tiếng Người Vitruvius (Vitruvian Man) của Leonardo Da Vinci, với một thông điệp bí ẩn viết cạnh, và một hình sao năm cánh (ngũ giác) vẽ trên bụng bằng máu. Như tên của tiểu thuyết hàm chỉ, các thông điệp đầy ẩn ý từ các tác phẩm của Leonardo như Mona Lisa và Tiệc Ly (Bữa tối Cuối cùng) (The Last Supper) xuất hiện xuyên suốt tác phẩm dẫn dắt các manh mối làm sáng tỏ vụ án đầy bí mật này.

Có hai bí ẩn trong cái chết của Saunière:

• Bí mật nào mà Saunière che giấu đã đem đến cái chết của ông ta?
• Ai là chủ mưu việc ám sát?

Câu chuyện dẫn độc giả theo nhiều sự việc và kết cấu cùng xảy ra đan xen, với nhiều nhân vật khác nhau, nhưng đều có liên quan đến vụ án. Chỉ vào lúc kết thúc, toàn cảnh câu chuyện mới trở nên rõ ràng, vì vậy độc giả bị cuốn hút từ đầu đến phút cuối.

Để làm sáng tỏ câu chuyện, Dan Brown đã lồng nhiều suy luận về các trò chơi đảo lộn chữ cái (anagram), cách "chơi chữ" bằng nhiều ngôn ngữ đã thất truyền, và cách giải thích các con số liên quan. Đáp án cuối cùng có liên quan mật thiết đến địa điểm cất giấu Chén Thánh (Sangreal, Holy Grail) và của một hội kín bí mật là Tu viện Sion (Priory of Sion) và Hiệp sĩ dòng Đền (Knights Templar). Một tổ chức tôn giáo khác là Opus Dei cũng có liên hệ đến cốt truyện. Nhưng có chính xác vậy không, tuy chỉ là trong hư cấu? Tác giả không kết luận điều gì, cũng không lên án hoặc tố cáo ai, mà để cho độc giả tự diễn giải. Vì vậy, độc giả tuy đọc cùng một tiểu thuyết nhưng lại có cách hiểu khác nhau.

Đến cuối câu chuyện, nhiều tình tiết được nêu ra để làm tiền đề cho quyển thứ ba và cuối cùng trong loạt tam phẩm này, Chìa khóa Solomon. (xuất bản năm 2009)

Tóm tắt lại nội dung chính phim ( M chỉ tóm tắt lại ý chính do nội dung cực kì phức tạp, m đã skip đoạn đầu và chỉ nói về quy trình tìm kho báu ) : Robert và Sophie đã tìm được 1 chiếc hộp bí mật có chứa một bản đồ dẫn tới chiếc Chén Thánh và vô tình khiến họ bị truy nã bởi CS Pháp. Cả 2 người đã trốn đến nhà của 1 người quen tên Leigh và đã được ông ta giải thích rằng : Jesus cũng chỉ là một con người bình thường chứ không phải Chúa và Chén Thánh không phải là báu vật, không phải cái chén dùng để uống mà đó chính là vợ của Jesus, Mary Magdalene. Được thể hiện rõ ở bức tranh Bữa Tối Cuối Cùng của Da Vinci ở câu chuyện ngày Jesus bị đóng đinh, và Mary đang mang bầu đã trốn sang Pháp và sinh con tại đó. Nhưng chính điều này đã khiến dân chúng phần nộ và do mặt tối của Công Giáo và đặt một chiến dịch “Tiêu Diệt Phù Thuỷ” và khiến nhiều phụ nữ thời đó bị bắt cóc, hiến tế, giết hại...cùng lúc Robert đã đưa chiếc hộp cho Leigh giải mã tuy nhiên bị tấn công bởi Silas nên buộc phải kiếm máy bay chạy sang Anh với Silas do nghi ngờ Chén Thánh được cất ở đó. Và khi đến nơi chiếc máy bay bị cảnh sát bao vây tuy nhiên chỉ có Leigh và viên phi công do cả 3 đã chạy ra từ trước. 2 người trên máy bay rời đi trên xe và đi vào 1 điện thờ của The Knight Templar do có miêu tả trong cuốn sách do có đầu mối với quả cầu bên trong về mật mã mở hộp . Và trong 1 khoảnh khắc chiếc hộp đã bị nhân viên của Leigh cướp mất và trốn thoát cùng Silas cùng lúc bắt Leigh và vứt lên cốp xe rồi trốn ra bờ sông trong khi thả Silas ở biệt thự Opus Dei. Ngay sau đó một sự thật đã được hé lộ khi Leigh thuộc một tổ chức Tôn Giáo tà ác và hắn chính là người đứng đầu với biệt danh Thầy Giáo ( Rector ) và đã nhận chiến lợi phẩm và đã đầu độc tên đồ đệ,đồng thời gài bẫy Silas khiến hắn bị thiệt mạng trong cuộc đụng độ với cảnh sát . Ngay sau khi tìm được đầu mối rằng mật khẩu đang ở lăng mộ của Newton thì cả 2 đến điều tra và phát hiện Leigh đã tới đó, cả 3 ra ngôi đền và Leigh đe doạ 1 trong 2 phải mở hộp nếu không sẽ bóp cò. Riêng Robert do tinh khôn hơn nên đã lén mở hộp và lấy tài liệu ra trước sau đó lừa Leigh bằng cách khiến quy trình mở hộp thất bại khiến hắn suy sụp sau đó bị cảnh sát bắt. Sau đó, Robert đã giải thích vs Sophie rằng mật khẩu chính là chiếc mặt trăng đã rơi vào đầu Newton, với tên gọi là “A-P-P-L-E” ( quả táo ) và khi tra cuộn giấy đã phát hiện ra địa điểm thật là 1 cung điện trong rừng sâu và tới đó.